인천광명원의 조직도는 최상위에 이사장을 정점으로 하여 법인이사회, 원장, 원장직속 인권지킴단, 서비스질향상위원회, 사례관리위원회, 고충처리위원회가 있으며, 또한 운영위원회, 인사위원회, 노사위원회가 있습니다.

인천광명원의 사무조직은 사무국장을 중심으로 운영지원팀, 거주지원팀, 자원개발팀, 영양지원팀의 부서들이 있습니다.

운영지원팀의 업무는 사무행정, 회계, 직원능력개발, 시설정비 등입니다.

거주지원팀의 업무는 일상생활지원(프로그램운영), 의료지원, 자립활동지원, 입·퇴소상담 등입니다.

자원개발팀의 업무는 후원·홍보, 소식지발간, 자원봉사자개발, 장애체험교실, 사회봉사활동 등입니다.

영양지원팀의 업무는 영양·급식, 위생교육 등입니다.